Secondo me dipende molto se vuoi che si procurino un oggetto, custodito da qualche parte dai possessori delle segrete, oppure se vuoi proprio che risolvano un enigma alla nome della rosa. O all'Indiana Jones se vogliamo (
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In questo secondo caso, dato che ti trovi in una chiesetta, si può prendere spunto da temi ricorrenti nell'architettura religiosa... A cosa erano destinate le segrete alla loro costruzione? Se, ad esempio, in origine erano catacombe per le sepolture, potresti creare una frase criptica (da tradurre poi in latino, ovviamente!) che indica alcune figure del mosaico (figure legate al trapasso, al regno dei cieli, o alla conversione necessaria con la morte imminente). Esempio molto rozzo: il mosaico mostra il giudizio universale, in una parte del quale un angelo conduce le anime pie al paradiso. Un'iscrizione intorno dice: "lo sguardo dell'angelo del Signore conduce al riposo eterno". Negli occhi dell'angelo sono nascosti due pulsanti per l'apertura.
Oppure, un tema ricorrente nelle decorazioni delle chiese più antiche fino al '300, era l'enigmatico "quadrato del sator": potrebbe essere un punto di partenza per creare un enigma, anche se qui la cosa potrebbe venire un po' complessa. Qui un po' di informazioni.
Altrimenti ricreare un classico scmabio di significato, come, appunto, "il primo e il settimo di quatuor", o "dite amici ed entrate". Però questo metodo è appunto un po' inflazionato, secondo me...