Rispondo in fretta perché ho poco tempo, comunque:
Se leghi la trama principale della campagna ai BG dei personaggi, fai attenzione a non renderla legata a un singolo personaggio in maniera eccessiva. Potrebbe finire per diventare il protagonista (quando dovrebbe essere uno dei protagonisti). Legandola eccessivamente a uno o più personaggi, poi, potresti trovarti impossibilitato a ucciderli o a intralciarli, finendo per railroadare (ovvero forzare) la storia.
È anche sconsigliabile creare grosse differenze di livello o PE all'interno del gruppo, dato che potrebbe rendere difficile la preparazione o la gestione degli incontri, soprattutto se usi avventure prefatte, che generalmente sono pensate per un party di PG tutti di pari livello. Per la stessa ragione, occhio anche a non dare troppa esperienza con le miniquest, perché i personaggi potrebbero salire troppo rispetto al livello previsto dall'avventura.
Infine, le penalità in PE al singolo o al gruppo tendono a essere più fastidiose che altro: si gioca per divertirsi, e venire puniti non è divertente.
Tieni anche conto del fatto che cambiare PG può essere divertente: magari il giocatore è molto affezionato al suo attuale Mago, però gli piacerebbe provare gli incantesimi da chierico. Potresti organizzare dei piccoli spin-off con personaggi secondari, permettere ai giocatori di cambiare PG ad ogni avventura o addirittura consentire il retraining dei PG quando il giocatore si stanca della loro classe (consentendo di mantenere il personaggio cambiando la scheda, in pratica).
Ricorda che i GdR sono innanzitutto giochi, e che il loro scopo è divertirsi, non vincere o creare qualcosa di artisticamente valido: se una soluzione dà più divertimento di quanto non tolga all'immersione o alla competizione della campagna, allora è quasi sempre una buona soluzione, e merita di essere valutata almeno tre volte prima di scartarla.