In realtà, a mio avviso, le 3 città già esistenti più adatte sono:
- Waterdeep = il fatto che nel manuale d'ambientazione non sia indicata la presenza di un'Accademia di magia non significa che non ci sia. In una città così grande e multiculturale si può sicuramente trovare di tutto, e secondo me un'Accademia c'è eccome, basta inventarsi il nome della stessa (comunque poi controllo più nello specifico se nel manuale di Waterdeep c'è qualcosa di più specifico). Riguardo il governo, come detto da te, è in mano al consiglio dei Lord, quindi va benissimo.
- Luskan = un po' più a nord e decisamente più piccola rispetto a Waterdeep, oltre ad essere sua storica avversaria. Il governo è composto da 5 Capitani Supremi (ex pirati, puoi considerarli un po' come un gruppo di Lord locali pure questo), ma il vero potere è nelle mani della Confraternita Arcana (società di maghi malvagi). Non trovo affatto strano che ci sia un'Accademia dove i malvagi incantatori accrescono le loro fila. Anche qui basta inventarsela l'Accademia.
- Silverymoon = anche questa va benissimo. Il governo è retto dalla Confederazione dei Lord, e in città vi è una Accademia di magia, chiamata Università di Silverymoon. I maghi sono inoltre molto presenti e potenti, anche visto che bastano loro a tenere a bada la Confraternita Arcana di Luskan e il resto dei pericoli provenienti dal Nord.
Queste secondo me le scelte più adatte.
Altrimenti come suggerisce Pega puoi sempre inventarti una città a gusto tuo.