questo è un ottimo quesito.
innanzitutto parlando di fazioni religiose, come detto, io guarderò dal punto di vista cattolico, quindi Dio come il bene e Satana come il male (a cui si indicano tutte le altre religioni esistenti). ovviamente questo non combacia con la realtà perchè avremmo altre divinità sia buone che malvagia, quindi Allah e la sua nemesi (che onestamente non sò ad ora se ce l'ha oppure no e quale sia, mi devo documentare), inoltre nulla toglie la presenza di credi Politeisti (divinità greche), oppure altre religioni provenienti dall'est, dall'africa e perchè no dalle Americhe. Quindi diciamo che a livello di "ufficialità" avremmo solo le divinità cattoliche (chi non crede in Dio è visto come il male), ma in realtà il gioco ne presenterà molte altre.
Per quanto riguarda il punto in riferimento all'eventuale incantesimo di individuare il bene su un credente musulmano e quindi non per forza di cose malvagio, devo essere sincero che non mi ero posto la questione e così su due piedo posso dire che potrei lasciare l'ibertà di interpretazione all'eventuale player che effettuerà tale azione. lasciando spazio all'imaginazione, per esempio: portare ad una lotta da parte del giocatore contro la chiesa che a suo parerere, dopo attente riflessioni, starebbe distorcendo la volontà della divinità per ottenere profitti in senso materiale e cercando di espandersi politicamente.
Su questo punto, che è molto complicato, ci si può comunque giocare molto a livello interpretativo, ma non dare una verità assoluta.