L'unico vero problema è che la carta esagonata è poco comune: chiunque può trovare facilmente carta a quadretti grossi e improvvisare una mappa al tavolo, anche usando quattro dadi come pedine. 
Le miniature a base esagonale sono poche, ma quello è un problema solo relativo perché una basetta tonda se si iscrive dentro l'esagono poi può essere orientata a piacere. 

Ma persino Roll20 non è molto hex-friendly. Sto preparando una mappa per un hexcrawl e dannazione senza pagare l'abbonamento più salato non c'è modo di scoprire un esagono per volta con la nebbia di guerra! E anche così sarebbe solo per la pietà di un utente che ha creato il codice adatto. 

@Pippomaster92 sì, la scarsità di strumenti è indubbiamente un altro svantaggio che varrebbe la pena citare, hai ragione