Su questo hai assolutamente ragione. In effetti l'investigazione è solo un caso specifico di scenario basato su nodi, che a sua volta è un caso specifico di dungeon, in senso generalizzato.
Andando sul pratico: i giochi come D&D sono pensati per una struttura di gioco dove i PG esplorano ambienti, superano ostacoli (consumando risorse), recuperano cose, in questo modo "sbloccano" altri ambienti da esplorare, e così via. Possiamo costruirci sopra giocate anche molto diverse, ma la struttura di fondo rimane questa, non si scappa.
In un classico dungeon vero e proprio, i PG esplorano stanze collegate da corridoi; superano mostri e trappole; recuperano tesori e oggetti magici, e chiavi per aprire altre stanze. Poi ci sono i cosiddetti hexcrawl o mondi aperti: i PG esplorano le diverse località di una regione geografica, superano ostacoli naturali e mostri, recuperano tesoro e conquistano terre. In una variante chiamata "pointcrawl" fai la stessa cosa ma in una mappa fatta di luoghi di interesse e percorsi di collegamento (quindi più simile a un vecchio dungeon), anziché in una completamente aperta divisa in caselle. Sennò si può pensare a un ambiente cittadino, dove si esplorano quartieri o edifici. O altre cose ancora. In quella che io chiamo investigazione, si esplorano fonti di informazione (luoghi, cose o personaggi) e si recuperano indizi. Si possono anche mescolare le cose: un hexcrawl che contiene delle città, una città che contiene dei dungeon, e così via. Sono tutti modi diversi di fare la stessa cosa.
Nel suo "scenario basato su nodi" The Alexandrian si pone, secondo me, una questione di fondo che sono i collegamenti: là dove non ci sono "corridoi" che vincolano e indirizzano gli spostamenti, come si fa a passare da un ambiente da esplorare all'altro? La sua risposta sono gli indizi (qualcosa di simile a quelle che io chiamo informazioni-freccia): ogni ambiente contiene informazioni su come arrivare a vari altri ambienti, e queste informazioni fanno le veci dei corridoi. Non è l'unica risposta possibile.
Fin qui stiamo ancora parlando di scheletri, di strutture procedurali "vuote". Sono strumenti. Non sono ancora un gioco soddisfacente.
Il gioco vero si ha quando i giocatori hanno uno scopo (e il master ne ha uno a sua volta). Attorno a quello scopo, a come si sceglie, a come lo si attua, si può costruire una campagna. Con l'aggiunta di altre cose essenziali come l'ambientazione.
A quel punto, come dice giustamente @Percio, si può capire quali degli strumenti di cui abbiamo parlato sono adatti alla giocata, e in che modo li possiamo usare.
Tipicamente, nei giochi come D&D, i PG hanno un obiettivo (o più) che tiene insieme il gruppo. Il ruolo dei giocatori è cercare di far raggiungere ai PG quell'obiettivo. E il ruolo del master è creare e gestire gli ostacoli avventurosi che si frappongono tra loro e l'obiettivo.
Questo può valere sia a livello di campagna, sia, più in piccolo, a livello di singola avventura (con campagna io intendo un insieme di avventure). Tecnicamente vale anche a livello del singolo incontro, della singola "scena".
In certe campagne e/o avventure l'obiettivo viene definito dall'inizio. Spesso dal master, ma può anche essere proposto dai giocatori. Se ne parla, ci si trova d'accordo. "In questa campagna l'obiettivo dei PG è distruggere l'Unico Anello prima che il Male risorga". "In questa avventura i PG devono risolvere un caso di omicidio". "In questa campagna i PG sono imprigionati in un'altra dimensione e devono trovare il modo di uscirne". "In questa avventura dovete ritrovare un principe misteriosamente scomparso".
In questo caso, spesso torna comodo al master creare uno scenario basato su quell'obiettivo. Partendo dal fondo, come ha detto @Casa: puoi farlo, l'obiettivo lo sai. Puoi usare la struttura a nodi, se ti torna comoda, o qualunque altra struttura. In genere, alla base, ci sarà comunque una serie di "tappe intermedie", obbligatorie o facoltative, prima di arrivare alla risoluzione. Uno schema come questo, diciamo, o come quest'altro, che è in sostanza equivalente.
Anche le avventure investigative come le ho presentate io sono di questo tipo. Nel senso: l'assunzione è che i PG abbiano l'obiettivo di svelare il mistero, vogliano farlo, e quella sia la loro "condizione di vittoria". Su questa assunzione costruisci un insieme di indizi che poi dissemini nello scenario.
E sì, si possono mescolare le varie cose, come dici tu. Anzi, in genere lo consiglio. D&D rimane un gioco di azione, è giusto che delle parti di azione ci siano.
In altre campagne e/o avventure non c'è un obiettivo definito all'inizio. Sottolineo "all'inizio". Cosa vuol dire? Che prima o poi l'obiettivo ci sarà, perché i giocatori se ne daranno uno, per conto proprio. Però a te, master, non importa molto quale sarà. Il ruolo che ti dai è quello di progettare uno scenario in cui ci sono cose interessanti qua e là, ci sono forze in movimento, ci sono potenziali conflitti. È quello che alcuni, in gergo, chiamano sandbox.
Poi starà ai giocatori decidere cosa fare, e qualunque cosa facciano, più o meno, va altrettanto bene per la tua preparazione. Nota che quest'ultima parte è fondamentale. Se crei uno scenario con due o tre opposte fazioni, ma con l'idea di fondo che i PG debbano essere eroi che tentano di salvare il mondo, fai bene a esplicitarlo chiaramente: "In questa campagna l'obiettivo dei PG è proteggere il mondo". Così ne potete parlare, tu e i giocatori, prima che il gioco cominci, e loro sanno cosa ci si aspetta da loro. Solo se qualunque cosa facciano i PG con quelle tre fazioni per te è indifferente (compreso, che so, allearsi con i nazi e diventare pian piano duci del mondo) puoi non dire niente all'inizio (a parte spiegare l'ambientazione).
(Anzi, in realtà sconsiglio di non dire niente: per sicurezza dovresti dire "In questa campagna non c'è un obiettivo definito per i PG, starà a voi deciderne uno; non aspettatevi indizi o tracce da parte mia perché non ci saranno".)
Ora, in un caso come questo non ti conviene (inizialmente) preparare schemi dettagliati con nodi, indizi, dungeon e così via. Rischi di buttare via un sacco di lavoro: i PG potrebbero andare da tutt'altra parte.
Non che non ci sia alcuna preparazione, eh, intendiamoci: c'è lo stesso ma è una preparazione diversa. Di solito si comincia con una descrizione dello scenario globale, con caratteristiche chiave da tenere presenti. Poi si scelgono PNG / fazioni importanti e luoghi di maggior interesse, ma dedicando a ciascuno solo qualche riga veloce, di concetto. Si preparano tabelle o elenchi di rapida consultazione: mostri/abitanti delle varie aree, nomi, merci, tesori... Infine si dettaglia un po' meglio il luogo di partenza, eventualmente con qualche "aggancio" possibile di prima quest tra cui scegliere.
Se vuoi fare una cosa del genere (e mi pare di aver capito che tu sia interessato soprattutto al "gioco di fazioni") potresti, ad esempio, modellare ogni fazione con un approccio simile a quello che ho usato per un villain: quindi, ognuna con qualche caratteristica saliente, un obiettivo da raggiungere, i "passi" occorrenti in futuro per raggiungere quell'obiettivo, e un insieme di risorse. Poi, con il passare del tempo in game, fai fare a ciascuna fazione la sua mossa, rendendola visibile ai giocatori in modo che possano interferire se vogliono.
Anche in un gioco di questo tipo, come ho detto, prima ho poi nasceranno degli obiettivi, scelti dai giocatori. Per esempio in risposta all'iniziativa di una fazione: come hai detto tu, i PG potrebbero decidere di liberare un ostaggio rapito. Oppure, indipendente dalle fazioni: per esempio, potrebbero sentir parlare di un tesoro e decidere di provare a recuperarlo, o potrebbero voler conquistare il predominio su una cittadina.
A quel punto, una volta che l'obiettivo è chiaro, puoi progettare l'avventura che lo riguarda usando lo strumento che ti sembra più adeguato: una volta sarà un dungeon tradizionale, un'altra volta magari uno scenario basato su nodi, e/o con componenti di investigazione.