Intanto benvenuto.
Poi... non hai fatto due scelte molto furbe, senza offesa, ma per mettere a posto il primo errore ne hai fatto un'altro (forse peggiore, cioè hai solo limitato i PG e non hai risolto niente... anche un arcimago può essere malvagio).
Io consiglierei (da DM a DM) di concordare coi giocatori una "virata di allineamento" come dice Dusdan...
A parte questo noi abbiamo gicoato per anni limitando gli allineamenti... (il primo che ha fatto un LM - il più fattibile dei malvagi - è stata una conquista) e non abbiamo mai avuto problemi di sorta. E adesso, dopo anni di gioco, abbiamo cominciato (ripeto cominciato) ad avere una maggiore libertà con gli allineamenti - che si traduce spesso e volentieri in un lavoraccio a modificare parti di avventura ( o l'intera avventura) per il DM.
Non è bello da dire ne da fare, ma puoi sempre "AMMETTERE IL TUO ERRORE E RICOMINCIARE L'AVVENTURA - O CONTINUARLA DA DOV'E' - CON I PERSONAGGI CON L'ALLINEMAENTO MITIGATO". Per quanto riguarda le classi di prestigio è un peccato "chiuderle" ai giocatori ma se siete alle prime armi (o se sono loro alle prime armi) magari limitale un po' (ed io sono un DM pro-classi-di-prestigio).
Sperio di essere stato d'aiuto.