Calma, calma
Facciamo un esempio, per chiarezza. Prendiamo un chierico di 12° con un quarterstaff. Avrebbe di base due attacchi a +9/+4, senza contare nessun bonus di altra natura. Cambattendo col quarterstaff come arma doppia saremmo a +5 (mano primaria, primo attacco)/+1 (mano secondaria, primo attacco)/ +0 (mano primaria, secondo attacco). Quindi la penalità minore si applica a tutti gli attacchi con la mano primaria, mentre l'attacco secondario viene fatto con il bonus più alto, ma con la penalità maggiore.
Se il chierico si casta "Potere Divino", il suo attacco base (sempre senza bonus) sale a +12/+7/+2. Se attacchi con le due estremità fai +8 (mano primaria, primo attacco)/+4 (mano secondaria, primo attacco)/ +3 (mano primaria, secondo attacco)/-2 (mano primaria, terzo attacco). Se poi hai altri bonus, tipo forza, li aggiungi a tutti i tiri per colpire.