Hai visto giusto, gestire direttamente l'intera battaglia sarebbe non solo noisissimo ma anche praticamente impossibile. Quello che puoi fare è assegnare ai PG missioni particolari nel quadro del grande scontro, impiegandoli come forze speciali; dopo tutto hanno capacità e poteri ben superiori a quelli del comune fantaccino, ed è assolutamente realistico che i generali vogliano sfruttarle al meglio. A seconda dell'allineamento e della natura della guerra, i PG potrebbero essere inviati in missioni di spionaggio, sabotaggio, assassinio, liberazione di prigionieri importanti; oppure potrebbero essere incaricati di difendere un punto di particolare importanza strategica, o di neutralizzare una forza nemica analoga alla loro. In tutti questi casi, realisticamente dovranno affrontare contemporaneamente solo un numero limitato di nemici; ad esempio, potresti incaricare i PG di sabotare i trabocchi che bombardano le mura: dovranno per prima cosa giungere ai trabocchi senza farsi scoprire, poi sconfiggere i nemici che li sorvegliano e infine fare ritorno in territorio amico. Se sono di livello troppo alto per una cosa del genere, potresti addirittura inviarli ad assassinare\prendere prigionieri i capi dell'esercito nemico con una fantastica azione di decapitazione; in tal caso, i PG potrebbero trovarsi ad affrontare la scorta dei generali nemici e i generali stessi, e a seconda del livello potrebbero anche dover pensare a come evitare che il bersaglio sfugga via teletrasporto e simili.
Un manuale che ti può aiutare a gestire una battaglia è Heroes of Battle (ufficiale).
edit: mi sono fatto trasportare dalla mia passione per le simulazioni di guerra... dimenticavo di aggiungere che se preferisci focalizzarti sul giocare di ruolo, può benissimo darsi che i PG siano inviati in missione diplomatica segreta per impedire che le varie razze di questo esercito multietnico cooperino, e magari anzi per istigare un bel tradimento durante la battaglia.